これは別言語でも同様のことが発生しそうですね。たしかRailsでも同様の問題が発生していたような気がします。

https://scrapbox.io/shimizukawa/django_bulk_update_%E6%99%82%E3%81%ABupdated_at%E3%82%92%E6%9B%B4%E6%96%B0%E3%81%99%E3%82%8B

この辺りの記事を読んで基底の抽象クラスをcoreディレクトリに作成し、その後各Modelクラスで抽象クラスを継承したところ、bulkupdateやQuerySetを用いたupdate処理でupdated_atの日時が更新されるようになりました。

DatedModelはcoreディレクトリ内の抽象クラス
from core.models import DatedModel
class Part(DatedModel):

結構しっかりテストをしないと気がつかない部分ですがじわじわとダメージを負いそうな部分なので早めに解決できてよかったです。